De Mogherini szintén hangot adott az európai emberi jogi aggodalmaknak Egyiptomban.

Mogherini azt állítja, hogy "a fenntartható biztonság és stabilitás csak akkor érhető el, ha az emberi jogok teljes mértékben rendelkezésre állnak, megvalósulnak és helyben tarthatók." Emellett aggodalmát fejezte ki az Egyiptomban működő nem kormányzati szervezetek munkáját szabályozó törvény miatt.